《女神异闻录5皇家版》的结局与原版的结局有所不同。原版结局只有一种，即主角Akira被判定有罪并被送进监狱，结束了游戏。而在P5R中，除了原有结局外，添加了两种全新的结局，这两种新结局都是主角最终胜利的结局。其中一个新结局称为“真结局”，当主角完成每个成员的个人路线并完成全部内地宫后，会进入一个新的章节。在这个章节中，主角会得到一个全新的挑战，如果成功完成，就能到达这个结局。另一个新结局称为“第三结局”，当主角完成了全部内地宫并观看了真正结局之后，主角会得到一个新的选择，如果选择正确，就能到达这个结局。总的来说，《女神异闻录5皇家版》相比原版加入了新的剧情和人物，丰富了游戏体验，同时也增加了两种全新的结局，让玩家可以有更多的选择和冒险。
